La SFR Confluences est accompagnée par un Comité d’orientation stratégique. En 2022, le COS était composé de Frédéric Chauvaud (Professeur d’Histoire contemporaine, Université de Poitiers), Adelina Miranda (Professeur d’Anthropologie, Université de Poitiers), Frédéric Le Blay (Directeur de la Maison des Sciences de l’Homme Ange Guépin, Professeur de Science Politique, Université de Nantes), Florence Fix (Professeur de littérature comparée, Université de Rouen), Pierre-Henri Frangne (Professeur de Philosophie de l’art et esthétique, Université Rennes et Directeur des PUR), Fabrice Foucher (Directeur de la SFR Quasav, Université d’Angers). Les membres du Comité d’orientation stratégique sont renouvelés tous les deux ans.