La SFR Confluences est coordonnée par une équipe de direction. A ses côtés, le Bureau de la SFR Confluences est en charge de préparer les décisions les plus importantes ou à faire face à des questions urgentes, et le Conseil de direction est responsable de la gestion de la SFR Confluences. Enfin, la SFR Confluences est accompagnée par un Comité d’orientation stratégique.